Por que ter mais de uma conta de FTP?
Ter mais de uma conta de FTP é útil para dar acesso apenas a uma parte dos arquivos da hospedagem, de forma que haja diretórios aos quais nem todo o pessoal possa acessar.
Por exemplo, se a mesma hospedagem tem mais de um site em diferentes diretórios, que são desenvolvidos por equipes diferentes, você pode criar uma conta FTP para cada diretório, e cada equipe terá a conta FTP correspondente ao diretório do site que desenvolvem, sem poder modificar a do outro equipe.